Der Backsteinbau war einst die Klosterkirche eines Franziskanerklosters, das in alten Chroniken erstmals 1312 erwähnt wurde. Wie die meisten Klöster der Bettelorden befand sich auch dieses Kloster unmittelbar an der Stadtmauer, die direkt am Oder-Ufer verlief. Während der Reformation wurden das Kloster geschlossen und die Franziskaner vertrieben. Das Eigentum des Klosters fiel an die Universität Viadrina. In der Bibliothek wurde eine Universitätsdruckerei eingerichtet, im Kloster wurde eine Verpflegungsstätte für arme Studenten eingerichtet. Daraus wurde später ein Armenhaus. Am Ende des Zweiten Weltkrieges wurden die Klostergebäude zerstört; die Kirche überstand als eines der wenigen Häuser der Innenstadt.
Die Kirchengemeinde und die Stadt Frankfurt (Oder) entschieden 1966, das verfallende Gebäude unter denkmalpflegerischen Auflagen als Konzertsaal einzurichten. Schon ein Jahr später fand das erste Konzert statt. Von 1969 bis 1970 wurde die Klosterkirche saniert. In den folgenden Jahren wurden immer wieder Gebäudeteile erneuert. Die Kirche beherbergt zwei Orgeln. Die ehemalige Klosterkirche ist heute ein international anerkanntes Konzerthaus und das Domizil des „Brandenburgischen Staatsorchesters“.
Zusätzlich befindet sich in der Sakristei der Konzerthalle die weltweit einzige Dauerausstellung über den Komponisten und Kirchenmusiker Carl Philipp Emanuel Bach (1714 – 1788). Der zweite Sohn des weltberühmten Musikers Johann Sebastian Bach, studierte von 1734 bis 1738 an der Frankfurter Universität Alma mater Viadrina und beeinflusste während dieser Jahre maßgeblich das Musikleben der Oderstadt. Wertvolle Porträts, Erstdrucke von bachschen Werken sowie originale historische Instrumente, die aus dem bedeutenden Sammlungsbestand des Museums Viadrina stammen, bereichern die Ausstellung. Besucher können mithilfe von Videos und Rundgängen mit dem Tablet ihr Wissen vertiefen. An einer Hörstation können die bachschen Kompositionen in Interpretationen renommierter Künstler und Ensembles verfolgt werden.